Andrea Wicklein hat sich erfolgreich gemeinsam mit dem BUND, der Landtagsabgeordneten Klara Geywitz und den Anwohnern für einen behutsamen Ausbau des Sacrow-Paretzer Kanals eingesetzt. Ursprünglich wollte die Bundesregierung den Kanal im Zuge der Umsetzung der Verkehrsprojekte Deutsche Einheit Nr. 17 für rund 65 Millionen zu einer Ost-West-Wasserstraße ausbauen. Sowohl Klara Geywitz als auch Andrea Wicklein stellten den Kanalausbau in der geplanten Dimension in Frage. Für beide stand fest: Die bisherige Entwicklung des Schiffsverkehrs rechtfertigt diesen Ausbau nicht. Zwar seien gut ausgebaute Wasserstraßen notwendig, aber für die prognostizierten Gütermengen reiche die Kapazität des Sacrow-Paretzer Kanals aus. Selbst in den Spitzenjahren des Güterverkehrs in den 90er Jahren war der bisherige Sacrow-Paretzer Kanal ausreichend.
Andrea Wicklein sprach sich deshalb für eine Überarbeitung der Planungen aus: "Insbesondere die Wirtschaftlichkeit des Projekts musste angezweifelt werden. Der Güterumschlag in Berlin und Brandenburg war seit 1993 von rund 14 Millionen Gütertonnen auf rund 8 Millionen gesunken. Die ursprünglich optimistischen Prognosen, die von einem Anstieg ausgingen, hatten sich nicht bewahrheitet. Deshalb hielt ich den geplanten Kanalausbau für überdimensioniert und setzte mich für eine reduzierte und umweltverträgliche Ausbauvariante sein, die sich am tatsächlichen Bedarf orientiert." Im Klageverfahren des BUND vor dem Bundesverwaltungsgericht in Leipzig konnte ein Vergleich mit dem Bund erreicht werden. Der reduzierte Ausbau der Wasserstraße ist im Frühjahr 2011 gestartet.